一之瀨寶太郎等人繼續搜索人工生命體「基米」,途中意外遇上浮世英壽等人,一起對抗再次現身的邪魔徒
此時,Level10的最強基米「X巫師」突然現身,使出不可思議的魔法,將櫻井景和等人變成基米!不光如此,另外五隻Level10最強基米,以及與幪面超人GEATS樣貌相似的「GEATS基米」亦一同出現!異常事態接踵而來,為了解除魔法,兩隊人馬決定各自分組